Einer der bemerkenswertesten Aspekte von PCIe 4.0 ist die Verpflichtung, ein hohes Maß an Kompatibilität mit PCIe 3.0 beizubehalten. Beide Standards verwenden das gleiche Kodierungsschema, insbesondere die 128/130-Bit-Kodierung. Diese Ähnlichkeit ermöglicht es den Herstellern, bestehende Designs und Infrastrukturen zu nutzen, wodurch die Notwendigkeit umfangreicher Neuentwicklungen minimiert wird. Der Übergang zu PCIe 4.0 ist jedoch nicht ohne Herausforderungen, insbesondere im Hinblick auf die Signalintegrität bei steigenden Datenraten.