Eine weitere wichtige Verbesserung, die mit PCIe 3.0 eingeführt wurde, waren verbesserte Energieverwaltungsfunktionen und bessere Datenintegritätsmechanismen. In den Standard wurden fortschrittliche Funktionen zur Fehlererkennung und -korrektur integriert, die eine zuverlässigere Kommunikation zwischen Geräten gewährleisten. Dies war besonders wichtig für datenintensive Anwendungen wie High-Performance-Computing, Spiele und Datenanalyse, bei denen selbst kleine Fehler zu erheblichen Leistungsproblemen führen können.